Taman Nasional Bogani Nani Wartabone merupakan penggabungan dari tiga kawasan konservasi, yaitu : Suaka Margasatwa Dumoga seluas ± 93.500 ha di Kabupaten Bolaang Mongondow (SK Menteri Pertanian No. 476/Kpts/Um/8/1979 tanggal 2 Agustus 1979). Suaka Margasatwa Bone seluas ± 110.000 ha di Kabupaten Gorontalo (SK Menteri Pertanian No. 764/Kpts/Um/12/1979 tanggal 5 Desember 1979); dan Cagar Alam Bulawa seluas ± 75.200 ha di Kabupaten Bolaang Mongondow (SK Menteri Pertanian No. 438/Kpts/Um/6/1980 tanggal 8 Juni 1980). Pada Konggres Taman Nasional sedunia ke-II di Bali tahun 1982, ketiga kawasan suaka alam tersebut diumumkan oleh Menteri Pertanian sebagai Taman Nasional dengan Surat Keputusan Menteri Pertanian nomor No. 736/Mentan/X/1982 tanggal 15 Oktober 1982.
Berdasarkan SK Menteri kehutanan Nomor: 731/Kpts-II/91 tanggal 15 Oktober 1991 tentang Perubahan Fungsi Suaka Margasatwa Dumoga, Suaka Margasatwa Bone dan Cagar Alam Bulawa di Kabupaten Daerah Tingkat II Bolaang Mongondow dan Kabupaten Daerah Tingkat II Goprontalo, Propinsi Daerah tingkat I Sulawesi Utara seluas :287.115 Hektar menjadi Taman Nasional.
Kemudian berdasarkan SK Menteri Kehutanan Nomor: 724/Kpts-II/93 tanggal 8 Nopember 1993 tentang Penetapan Kelompok Hutan Suaka Margasatwa Dumoga, Suaka Margasatwa Bone dan Cagar Alam Bulawa di Kabupaten Daerah tingkat II Gorontalo dan Kabupetn daerah Tingkat II Bolaang Mongondow Propinsi Daerah tingat I Sulawesi Utara, seluas 287.115 (dua ratus delapan puluh tujuh ribu seratus lima belas) hektar, sebagai Kawasan Hutan Tetap dengan fungsi Taman Nasional.
Keputusan Menteri Kehutanan Republik Indonesia Nomor: SK. 325/Menhut-II/2010 tanggal 25 Mei 2010 tentang Penunjukan Kawasan Hutan Provinsi Gorontalo Menteri Kehutanan Republik Indonesia. Terdapat perubahan luas kawasan TN. Bogani Nani Wartabone di daerah Bone Bolango.
Keputusan Menteri Kehutanan Republik Indonesia Nomor: SK 434/Menhut-II/2013 tanggal 17 Juni 2013 tentang Perubahan Peruntukan Kawasan Hutan Menjadi Bukan Kawasan Hutan Seluas ± 6.334 (Enam Ribu Tiga Ratus Tiga Puluh Empat) Hektar, Perubahan Fungsi Kawasan Hutan seluas ± 761 (Tujuh Ratus Enam Puluh Satu) Hektar dan Penunjukan Bukan Kawasan Hutan Menjadi Kawasan Hutan Seluas ± 290 (Dua Ratus Sembilan Puluh) Hektar di Provinsi Sulawesi Utara. Tidak ada perubahan luas kawasan TN. Bogani Nani Wartabone di Propinsi Sulawesi Utara
Berdasarkan surat keputusan Menteri Kehutanan Nomor: 734/Menhut-II/2014 tanggal 2 September 2014 tentang Kawasan hutan dan Konservasi Perairan Provinsi Sulawesi Utara. yang secara khusus belum ada penetapan untuk kawasan TNBNW di wilayah Propinsi Sulawesi Utara.