Struktur organisasi Balai Taman Nasional Bogani Nani Wartabone terdiri dari:
Kepala Balai
Sub Bagian Tata Usaha
- Urusan Kepegawaian
- Urusan Umum
- Urusan Rumah Tangga dan Perlengkapan
- Urusan Keuangan
- Urusan Perencanaan, Pelaporan, dan Evaluasi
- Urusan Pemanfaatan dan Pelayanan
- Urusan Pengawetan dan Perpetaan
- Urusan Perlindungan
SPTN Wilayah I Limboto
- Resort Bone
- Resort Bone Bolango
- Resort Tulabolo Pinogu
- Resort Bone Pantai
SPTN Wilayah II Doloduo
- Resort Dumoga Timur
- Resort Dumoga Utara
- Resort Dumoga Barat
- Resort Pantai Selatan
SPTN Wilayah III Maelang
- Resort Lolanan
- Resort Buroko
- Resort Pinogaluman
STRUKTUR ORGANISASI BTNBNW